Kuruojami padaliniai ir įstaigos

Ministerijos padaliniai:

• Dokumentų valdymo ir asmenų aptarnavimo skyrius
• Finansų valdymo ir kontrolės skyrius
• Personalo valdymo skyrius
• Strateginio valdymo departamento Strateginio planavimo skyrius
• Strateginio valdymo departamento Sveikatos sistemos stebėsenos skyrius
• Teisės skyrius
• Valstybės turto valdymo ir viešųjų pirkimų skyrius

Ministerijai pavaldžios ir (ar) atskaitingos įstaigos:

• Valstybinė ligonių kasa prie Sveikatos apsaugos ministerijos
• Valstybinė teismo medicinos tarnyba
• VšĮ Vilniaus universiteto ligoninė Santaros klinikos
• VšĮ Lietuvos sveikatos mokslų universiteto ligoninė Kauno klinikos
• VšĮ Nacionalinis vėžio institutas
• VšĮ Respublikinė Šiaulių ligoninė