Kuruojami padaliniai ir įstaigos

Ministerijos padaliniai:

• Dokumentų valdymo ir asmenų aptarnavimo skyrius
• Finansų valdymo ir kontrolės skyrius
• Personalo valdymo skyrius
• Teisės skyrius
• Valstybės turto valdymo ir viešųjų pirkimų skyrius
• Veiklos administravimo skyrius

Ministerijai pavaldžios ir (ar) atskaitingos įstaigos:

• Sveikatos apsaugos ministerijos Ekstremalių sveikatos situacijų centras
• Valstybinė ligonių kasa prie Sveikatos apsaugos ministerijos
• VšĮ Lietuvos sveikatos mokslų universiteto ligoninė Kauno klinikos
• VšĮ Vilniaus universiteto ligoninė Santaros klinikos