Kuruojami padaliniai ir įstaigos

Ministerijos padaliniai:

• Asmens sveikatos departamento Pirminės sveikatos priežiūros, odontologijos ir medicininės reabilitacijos skyrius
• Asmens sveikatos departamento Slaugos ir ilgalaikės priežiūros skyrius
• Psichikos sveikatos skyrius
• Visuomenės sveikatos departamento Sveikatos saugos skyrius
• Visuomenės sveikatos departamento Sveikatos stiprinimo skyrius

Ministerijai pavaldžios ir (ar) atskaitingos įstaigos:

• Radiacinės saugos centras
• Nacionalinis visuomenės sveikatos centras prie Sveikatos apsaugos ministerijos
• Valstybinė akreditavimo sveikatos priežiūros veiklai tarnyba prie Sveikatos apsaugos ministerijos
• Higienos institutas
• Valstybinė teismo psichiatrijos tarnyba prie Sveikatos apsaugos ministerijos
• Respublikinis priklausomybės ligų centras
• VšĮ Greitosios medicinos pagalbos tarnyba
• VšĮ Lietuvos sveikatos mokslų universiteto Kauno ligoninė
• VšĮ Palangos vaikų reabilitacijos sanatorija „Palangos Gintaras“
• VšĮ Respublikinė Klaipėdos ligoninė
• VšĮ Regioninė Mažeikių ligoninė
• VšĮ Rokiškio psichiatrijos ligoninė
• VšĮ Respublikinė Vilniaus psichiatrijos ligoninė