Kuruojami padaliniai ir įstaigos

Ministerijos padaliniai:

• Farmacijos politikos departamento Vaistų kainodaros ir kompensavimo skyrius
• Farmacijos politikos departamento Farmacinės veiklos skyrius
• Investicijų departamento Investicijų planavimo skyrius
• Investicijų departamento Investicijų Įgyvendinimo skyrius
• Tarptautinio bendradarbiavimo skyrius
• Veiklos administravimo skyrius
• Komunikacijos skyrius

Ministerijai pavaldžios ir (ar) atskaitingos įstaigos:

• Lietuvos bioetikos komitetas
• Valstybinė vaistų kontrolės tarnyba prie Lietuvos Respublikos sveikatos apsaugos ministerijos
• Nacionalinis transplantacijos biuras prie Sveikatos apsaugos ministerijos
• Lietuvos medicinos biblioteka