Kuruojami padaliniai ir įstaigos

Ministerijos padaliniai:

• Asmens sveikatos departamento Specializuotos sveikatos priežiūros skyrius
• Strateginio valdymo departamentas
• Sveikatos sistemos informacinių išteklių vystymo skyrius
• Sveikatos sistemos žmogiškųjų išteklių politikos skyrius

Ministerijai pavaldžios ir (ar) atskaitingos įstaigos:

• Nacionalinio transplantacijos biuro prie Sveikatos apsaugos ministerijos
• Valstybinės akreditavimo sveikatos priežiūros veiklai tarnybos prie Sveikatos apsaugos ministerijos
• Higienos instituto
• Valstybinės teismo psichiatrijos tarnybos prie Sveikatos apsaugos ministerijos
• Valstybinės teismo medicinos tarnybos
• Lietuvos medicinos bibliotekos
• VšĮ Rokiškio psichiatrijos ligoninės
• VšĮ Klaipėdos universiteto ligoninės
• VšĮ Respublikinės Vilniaus universitetinės ligoninės
• VšĮ Respublikinės Vilniaus psichiatrijos ligoninės 
• VšĮ Nacionalinio kraujo centro
• VšĮ Nacionalinio vėžio instituto